很多人认为商用主板的CPU与工业工控主板的CPU之间的差异不明显，导致有部分最求最大利润的商家用商用主板的CPU充当工业工控主板CPU，赚取更多的利润。但是自从在2009年出现专门为工控领域服务的嵌入式部门，商用CPU与工控CPU的差异则越来越大。

　　CPU的功耗和制程

　　工业工控主板一般选用的是低功耗的CPU，以便适应工控行业恶劣的环境应用。在Atom N270 CPU之前，Intel并没有专门的嵌入式部门，只把工控领域作为普通的CPU应用行业。自2009年Intel正式成立嵌入式部门，意味着Intel将商用CPU和工控CPU正式分开，而且Intel对嵌入式工控领域的发展也越来越重视，相继发布Atom N230、N270、N280等低功耗CPU，以区分商用CPU和工控CPU。在今后，Intel将为工控行业应用研发更低功耗和制程，将南北桥部分功能整合在处理器上的CPU，以满足工控行业的使用要求。

　　CPU的线路设计

　　由于工业工控主板需要适应宽温、宽压的工业应用环境，工业工控主板对电压的适应范围比商用主板更宽，工业工控主板的电压范围一般在9—20V之间。对于CPU的线路布局和设计，要求更加精密。

　　抗电磁波干扰能力

　　不同由于普通商用主板的市场定位和良好的使用环境，其产品一般只会做商用级的电磁兼容测试，抗电磁波干扰能力较低。

　　工业工控主板由于其针对的是工业市场，对抗电磁波干扰能力要求较高，需要通过EMI、EMC等测试和认证。这需要从两个方面考虑，一是从主板的线路布局设计上考虑，二是从机箱选料和结构、电源、接地情况上进行考虑。